A történet két fiatal testvérrel kezdődik - később ki lehet találni, hogy ők Edward és Aplhonse Elric -, akik kezüket éppen egy alkímia-körre teszik, amit Ed éppen most rajzolt meg a földön. Óvatosnak, de ugyanakkor izgatottnak is tűnnek. Az alkímia alaptanítását, az egyenértékű csere törvényét egy hang (Edé) magyarázza: Csak úgy hozhatsz létre valamit egy bizonyos anyagból, ha ugyanabból az anyagból teszed. Közben a fények forognak, mágiát hajtottak végre, és minden jónak tűnik...azonban a ragyogó fény vérvörössé válik és a testvérek aggódni kezdenek. Aplhonse a kísérlet közben elveszíti a testét, Edward a bal lábát. Kiderül, mit próbáltak visszahozni, amikor egy kéz emelkedik ki a kísérteties mágikus ködből és Ed mamájának szólítja.

Természetesen a boldogsága horrorba fullad, amikor egy torz testet lát agy kívül dobogó szívvel, és nyomorult arccal. Ez tökéletesen bemutatja az elhibázott emberi transzmutáció végeredményét...Al ekkor 10, Ed 11 éves volt.

A következő jelenet már sokkal később játszódik: a 14 és 15 éves testvérek a sivatagon keresztül utaznak Lior város felé. Miközben Ed csalódott, hogy a város kútjából bor folyik, egy barátságos boltos meghívja őket egy italra és beszélgetni kezdenek. Egy 80-as éveket idéző rádió adása szakítja ezt félbe, amiben Cornello főpap üzen a lakosoknak Leto, a Napisten tanításairól. Al bemutatja az alkímiában jártas ember képességeit, amikor a miatta összetört rádiót visszaállítja eredeti állapotába egy transzmutációs kör segítségével. Ekkor a kávézóból egy köpenyes alak (aki eléggé hasonlít Lustra) megemlíti a "Full Metal Alchemist" címet. A lakosok azt hiszik, Alphonse az, és mikor Ed megmondja nekik az igazat, alig akarják elhinni, hogy a tehetséges és híres alkimista ilyen alacsony...Ed persze dühös lesz... :) 

Rose, egy szép helyi lány szakítja félbe a csetepatét, hogy üdvözölje az újonnan érkezetteket és felajánljon nekik két ágyat a templomban, amit Ed buzgón elfogad.

A fivérek megnézik a főpap "csodáinak" egy bemutatóját, és rájönnek, hogy egyszerű alkímiát alkalmaz. Habár Cornellonak nem kell transzmutációs kört rajzolnia, és úgy tűnik, az egyenértékű csere törvényét is mellőzi. A testvérek úgy gondolják, Cornello csaló, mikor meglátják, hogy egy gyűrűt visel rajta hatalmas kővel, amit a fivérek a Bölcsek Kövével azonosítanak. Rose megzavarodik. Azóta hisz Létóban, amióta a barátja meghalt és a "ha jó leszek, Cornello vissza fogja hozni az életbe" utat követi, de hitét kezdi elveszíteni az ateista Edward tudományos magyarázatainak rohamától.

Ezalatt Lust onformálja Cornellot az érkező állami alkimistákról, az Elric-fivérekről. Cornello az egyik kegyencét, Clay-t küldi, hogy intézze el őket. Clay rátalál Alre, miközben Ed egy tudományos magyarázatot tart Rose-nak, és fejbe lövi. Ez egy szegényes tervnek tűnik, mivel Al feje lehet, hogy végiggurul a padlón, mégis fel tud állni, miközben Ed sikeresen kiüti a páncél fejjel. Rose teljesen kétségbe esik, és Cornellohoz fut. Ed és Al utána rohan.

Cornello és Rose egy hatalmas teremben vár a testvérekre, akik követik a lányt, és találkoznak. Cornello a gyűrűje segítségével homokot varázsol a föld helyére, így Al elsüllyed és Ed nem tud transzmutációs kört rajzolni. Jellemzően a gonosz tervére, egy ronda kimérát küld Edwardra. Cornello szerencsétlenségére Ednek nincs szüksége körre, hogy a homokból egy lándzsát transzmutáljon. Miközben a kimérát és még egy átváltoztatott papagájt legyőz, a gépkeze és lába megmutatkozik, amiből Cornello megtudja, hogy a tiltott emberi transzmutációval próbálkoztak egyszer. És így az is kiderült miért hívják Edet a "Full Metal Alchemist"-nek.