Hogy a manga története tovább folytatódhasson, az anime átváltott csak az animében látható filler epizódokra. Ezek azt a három hónapos hézagot töltik ki, ami Sasuke távozása és Naruto elutazása között van, akit Jiraiya elvisz két és fél évre, hogy megerősítse. Ezalatt az idő alatt az Tsunade legnagyobb problémája, hogy Narutot elfoglalja mindig valamivel, hogy a fiú ne menjen Sasuke után. Ezeknek a kalandoknak a nagy részében Naruto és a többi Genin szerepel, és nincs semmi különösebb hatása a későbbi eseményekre.

1. Beszivárgás Orochimaru búvóhelyére: 136-141. epizód: Jiraiya, Naruto és Sakura kalandját követhetjük nyomon, akik meg akarják menteni Sasukét, és eljutnak Orochimaru korábbi búvóhelyére.
2. Mizuki visszavág: 142-147. epizód: Mizuki visszatér - aki Iruka és Naruto halálát akarja, mert ők győzték le eredetileg és meghiúsították a tervét, hogy ellopjon egy értékes tekercset a faluból.
3. Bikoochuu: 148-151. epizód: Naruto és Kurenai csapata egy legendás bogár után kutat, ami képes arra is, hogy Sasuke hátrahagyott szagát kövesse. Azonban nem csak ők kutatnak a rovar után...
4. Raiga: 152-157. epizód: Naruto és Gai csapata a mániákus Raiga, a Seven Swordsmen of the Mist (= a Mist falu Hét Kardforgatója) egy korábbi tagja után ered, aki egy kis falut terrorizál, mert esetleg információt adhat az Akatsuki tag Hoshigaki Kisaméról és megmenthetik a rettegésben tartott falusiakat. 
5. Survival Plan: 158. epizód: Naruto és a Konoha Geninek egy része fiatalabb ninja akadémiai tanulókkal alkot csapatot egy túlélő edző küldetésen. Naruto Konohamaruval és csapatával együtt állja ki a próbát. 
6. Bounty Hunter: 159-160. epizód: Naruto akarata ellenére egy csapatba kerül Kibával és Hinatával egy újabb küldetés miatt: el kell kapniuk egy tolvajt. Azonban egy rejtélyes hasznot kereső vadász , Sazanami is a tolvajt üldözi, és emiatt ő is a Konoha shinobik ellenfele lesz.
7. Green Beasts: 161. epizód: két kívülálló érkezik Konohába Lee és Gai személyiségét felvéve, hogy megtudják a titkait (azért, hogy a falujuk asszonyait lenyűgözzék).
8. Land of Birds: 162-167. epizód: ebben a részben látogatást tehetönk Bird Countryba. Naruto, Neji és Tenten feladata, hogy felfedjék Noroimusha szellemének rejtélyét. Hamarosan belecsöppennek az ország belső ügyeibe is. 
9. Burning Pot: 168. epizód: ebben a részben Naruto, Sakura és Chōji segít az Ichiraku tulajdonosának Ryōnin (aka ryōri-ninja, "főző ninja") ellen, hogy megmenthesse a lányát. 
10. Land of the Sea: 169-173. epizód: Naruto, Yamanaka Ino és Aburame Shino Mitarashi Anko vezetésével Sea Countryba megy, hogy elpusztítsanak egy tengeri szörnyet. Ott Anko megkapja az esélyt, hogy visszakapja emlékeit, amit akkor veszített el, amikor Orochimaru tanítványa volt. Egy kis időre Sasukéval is találkozhatunk :-) .
11. Money Element vs. True Element: 174. epizód: Narutonak Kunihisával, egy gazdag ékszerész elkényeztetett fiával kell együtt kisebb feladatokat végrehajtani.
12. Treasure Hunt: 175-176. epizód: Narutot ismét Kibával és Hinatával osztják be, hogy megszerezzenek egy rejtett kincset. A dolog nehézsége az, hogy ha Naruto és csapata elbukik a küldetésben, visszaküldik őket az akadémiára.
13. Hotspring Village: 177. epizód: Naruto rátalál Jiraiyára egy termálfürdős faluban, aki igyekszik befejezni a regényét. Naruto elhatározza, hogy segít neki megírni a kéziratot, amit egy speciális kézbesítő ninjára bíz. De véletlenül összekeveredik a kézirat egy nagyon fontos csomaggal, így Narutonak és Jiraiyának vissza kell szereznie a kéziratot, mielőtt még háborút robbantana ki.
14. Hoshigakure: 178-183. epizód: Naruto Gai csapatával Hoshigakurába utazik, hogy megvédjenek egy különleges meteoritot, ami rejtályes erővel bír. Ott Naruto találkozik Sumaruval, egy fiúval, aki - csakúgy mint Naruto - egy nap kage akar lenni. Csakhogy rengeteg probléma és titok bújik meg a Hidden Star Village-ben. 
15. Kiba's Long Day: 184. epizód: Akamarut megfertőzi egy biológiai fegyver, amitől megvadul. Kiba feladata, hogy megmentse.
16. The Legendary Onbaa: 185. epizód: egy furcsa teremtmény mészik Naruto hátára, amit nem tud leszedni. Tsunade rájön, hogy ez bizonyára a legendás "Onbaa". Ha az egyszer rád ragad, nem tudod leszedni, amíg az fel nem nő.
17. Laughing Shino: 186. epizód: Naruto és Shino Fuutát kísérik, aki a Kagetsu-klán örököseinek soraiban a legelső. Habár ő örököl mindent, ami az előző vezéré volt, egy különös feladatot még teljesítenie kell: tilos nevetnie a temetés alatt. 
18. Konoha Moving Center: 187-191. epizd: egy kérés érkezik a Land of Vegetables lordjától, hogy néhány shinobi kísérjen el egy kereskedőcsoportot.  Naruto, Chōji és Hinata kapja a megbízást, hogy kövessék útjukon a kereskedőket.
19. Chubby Paradise: 192. epizód: Ino legújabb küldetése, hogy egy hercegnőt helyettesítsen egy esküvőn, mert a hercegnő meghízott a túl sok evéstől.
20. Lee's Dojo: 193. epizód: Lee épít egy kunyhót és úgy edz, hogy kihív másokat harcolni. Gai is eltervezte, hogy kihívja Leet, de sajnos el kell halasztania Ino sürgős hívása miatt. Egy betolakodó ellenben Gainak adja ki magát, és azt reméli, felfedheti Konoha titkait.
21. The Cursed Haunted Castle: 194. epizód: Narutot, Hinatát és Kibát a Land of Honey-ba küldik, hogy a Daimyō feleségét megkeressék. Ott találnak egy hátborzongató kastélyt...
22. The Third Great Beast: 195-196.epizód: Gait megkérik, hogy egy fiú, Yagura után menjen. A fiút pedig csak az érdekli, hogy bosszút álhasson Gaion, amiért legyőzte Yagura apját. 
23. The Konoha 11: 197- epizód: egy idős asztalos, Gennou fontos terveket lop el Konohából. Tsunade aggódik, hogy a férfi esetleg olyanokkal szövetkezik, akik el akarják a falut pusztítani, így egy S-rangú küldetést bíz Shikamaru vezetésével a többi 10 Konoha geninre, hogy oldják meg a helyzetet.