A sorozat különböző fejezetekre bontható, meghatározott részenként. Gondoltam, így egyszerűbb bemutatni a sorozatot, és értelmesebb is... Ezek a fejezetek hasonlóak a saga-hoz a Dragon Ball Z-ben.

A Naruto két nagy egységre bontható. Az első egység (Naruto Part I) az első 135 anime epizódot és az első 238 manga fejezetet tartalmazza. A Naruto Part II a manga 245. fejezetével kezdődik, animében még nem készült el. A Part I és II között van a "Kakashi Gaiden" fejezet. Ez közvetlenül nem kapcsolódik a cselekményhez, de kiderül belőle, hogyan szerezte meg Kakashi a Sharingant. A Kakashi Gaiden 6 manga fejezetre oszlik (239-244). Csakúgy, mint a Naruto Part II-t, ezt sem készítették még el animében.